Mặc dù mất hơn một thập kỷ để thực hiện, tựa game Skulls and Bones có thể đã không tạo được tiếng vang mà Ubisoft kỳ vọng. Việc một số khía cạnh quan trọng về cuộc sống cướp biển không được thể hiện đầy đủ như người hâm mộ mong đợi, và điều mà họ xem là vi phạm lời hứa chính là bản chất của nó: Một tựa game AAA.
Có nhiều lý do khiến Skulls and Bones trở nên thất vọng, bắt đầu từ những trò chơi nhỏ để thu thập tài nguyên cho đến các hành động của cướp biển thực thụ, mọi thứ biến nó trở thành một trò chơi mô phỏng lái tàu hơn. Ngoài ra, những thứ mà được cho sẽ xuất hiện trong tựa game này, ví dụ như các khu vực có NPC nơi người chơi có thể đi khám phá, trở nên vô vị. Ban đầu được tuyên bố là một trò chơi AAAA, Skulls and Bones giờ đây còn không được đánh giá quá hai chữ A, chứ chưa nói tới mức độ cần có của một tựa game AAA.
Trên một diễn biến khác, tin đồn về việc làm lại Assassin's Creed 4: Black Flag đang trở nên phổ biến, khiến cho Skulls and Bones trở nên nhạt nhẽo hơn ngay cả trước khi ra mắt, và ấn tượng ban đầu của người chơi về trò chơi cướp biển này cũng không tốt lắm. Ở vị trí 60 trên trang đánh giá Metacritic, Skull and Bones cho đến nay không phải là một thảm họa như nhiều người dự đoán, nhưng về cơ bản, nó vẫn thiếu điểm đặc biệt để trở thành một trải nghiệm đáng nhớ và cũng không thực sự đáng chú ý như lời hứa rằng đây sẽ là một trò chơi quad-A.
Khi nghe tin rằng Skull and Bones sẽ có giá 70 đô la, Giám đốc điều hành của Ubisoft, Yves Guillemot, đã bảo vệ trò chơi cướp biển này bằng cách nói rằng mức giá này phản ánh chất lượng của nó vì đây là một tựa game quad-A. Cuối cùng, đây lại là một chiếc đinh đóng vào quan tài cho tựa game này.
Một số game thủ đã xem tựa game này như một trò chơi "rẻ tiền" và việc giảm giá Skull and Bones chỉ vài tuần sau khi ra mắt không giúp cải thiện danh tiếng của nó. Dù vậy, các nhà phát triển vẫn đang nỗ lực khôi phục lòng tin của người chơi, nhưng tốc độ bỏ rơi game này nhanh hơn những gì họ có thể sửa đổi.