Trò chơi Star Trek Defense cho phép người chơi đảm nhận vai trò chỉ huy của một con tàu vũ trụ, nơi họ phải điều khiển con tàu qua nhiều thiên hà và hành tinh khác nhau. Mỗi thiên hà đều có sự thiết kế độc đáo với kẻ thù, khung cảnh và thách thức đa dạng. Từ nền văn minh nguyên thủy đến nền văn minh tiên tiến, từ sự sáng tạo đến sự hủy diệt, đều tạo ra những trải nghiệm thú vị nhất cho người chơi.
Trong quá trình khám phá không gian vũ trụ rộng lớn, khi du hành giữa các ngôi sao, người chơi sẽ thu thập các loại nguyên liệu để chế tạo và nâng cấp vũ khí, giúp đẩy lùi những sinh vật ngoài Trái Đất độc ác trên các hành trình bị chiếm giữ.
Trong trò chơi chiến thuật phòng thủ tháp Star Trek Defense, sẽ xuất hiện nhiều loại kẻ thù khác nhau như sinh vật cơ giới, zombie và các công trình kỳ quái. Dù mạnh mẽ đến đâu, mỗi kẻ thù đều có điểm yếu và cách tấn công riêng biệt, do đó người chơi cần phải nghiên cứu kỹ lưỡng để tìm ra cách đối phó linh hoạt và hiệu quả nhất.
Bởi vì Star Trek Defense có lối chơi chiến thuật phòng thủ tháp, người chơi sẽ được cung cấp nhiều kỹ năng tháp khác nhau trong game, từ đạn năng lượng, đạn đóng băng cho đến đạn lửa. Mỗi loại vũ khí cũng sẽ có một hệ thống chế tạo hoàn chỉnh, với những ưu điểm riêng phù hợp với từng tình huống. Người chơi cần phải đưa ra quyết định sử dụng vũ khí một cách đúng đắn để giành lợi thế trong trận chiến.
Trò chơi Star Trek Defense trên màn hình dọc có nhiều cơ chế kỹ năng đa dạng, bao gồm các con chip ảnh hưởng đến kỹ năng, cùng với nhiều cơ chế mới và cơ chế hồi sinh kỹ năng hiện có. Ngoài ra, người chơi còn có thể lựa chọn từ nhiều loại kỹ năng để nâng cấp dựa trên phong cách chơi cá nhân hoặc theo chiến thuật mà họ đề ra trong mỗi thách thức.
Việc cải thiện kỹ năng và vũ khí là rất quan trọng vì nó có thể thay đổi đáng kể cách chơi, giúp người chơi sáng tạo và thông minh trong việc xây dựng chiến lược để kiểm soát tình hình và dễ dàng giành chiến thắng.