Tính năng "Tin nhắn bí mật" của Zalo là một trong những điểm nổi bật, được phát triển để đảm bảo sự riêng tư cho người dùng. Khi kích hoạt tính năng này, các tin nhắn sẽ được mã hóa, chỉ có người gửi và người nhận mới có khả năng đọc được. Hơn nữa, tin nhắn sẽ không hiện thông báo trên màn hình khóa, giúp bạn tránh khỏi sự chú ý của những người xung quanh.
Ngoài ra, Zalo còn cung cấp tính năng tự động xóa tin nhắn. Khi bạn bật chế độ này, các tin nhắn sẽ tự động bị xóa sau một thời gian nhất định kể từ khi người nhận đã xem. Bạn có thể thiết lập thời gian tự hủy trong khoảng từ vài giây đến vài phút, nhằm bảo vệ thông tin nhạy cảm không bị lưu trữ lâu trên thiết bị của người nhận.
Ngoài ra, nếu bạn muốn bảo mật một cuộc trò chuyện nào đó, Zalo cho phép bạn giấu cuộc trò chuyện đó khỏi màn hình chính. Bạn chỉ có thể truy cập lại cuộc trò chuyện này khi nhập đúng mật khẩu hoặc sử dụng vân tay (nếu thiết bị của bạn có khả năng hỗ trợ). Tính năng này rất tiện lợi cho việc bảo vệ những thông tin quan trọng hoặc nhạy cảm.
Cuối cùng, một trong những lý do mà Zalo được đánh giá cao trong vấn đề bảo mật là bởi chính sách không lưu giữ tin nhắn trên máy chủ sau khi chúng đã được gửi đi. Điều này có nghĩa là nếu tin nhắn bị xóa khỏi thiết bị của cả người gửi lẫn người nhận, chúng sẽ hoàn toàn biến mất và không thể được khôi phục bằng bất kỳ phương thức nào.
Zalo cũng mang đến cho người dùng tính năng quản lý quyền truy cập vào các cuộc trò chuyện thông qua các công cụ bảo mật như mã PIN, mật khẩu hoặc xác thực sinh trắc học. Điều này đảm bảo rằng chỉ có bạn mới có thể truy cập vào các cuộc trò chuyện quan trọng, ngay cả khi người khác đang sử dụng thiết bị của bạn.