Trong Project Mugen, người chơi sẽ nhập vai điều tra viên, tìm hiểu về Chaos và tham gia những chuyến du hành xuyên suốt thế giới để đối đầu với những thử thách mạo hiểm và kết bạn với những người mới. Naked Rain hy vọng rằng trò chơi sẽ mang lại cho người chơi những trải nghiệm đầy mới lạ khi khám phá tự do các thành phố.
Đội ngũ phát triển luôn cố gắng kết hợp cảm giác "tự do" với không khí "đô thị". Để đạt được điều này, nhà phát triển đã sử dụng công nghệ tạo ra môi trường thành phố theo quy trình để xây dựng nhanh chóng toàn bộ thành phố. Từ đó, kết hợp với các hệ sinh thái đô thị được con người thiết kế để tạo ra cảnh quan đô thị hoàn chỉnh và sôi động trước mắt người chơi. Trong một thành phố rộng lớn như vậy, làm sao các nhân vật có thể di chuyển và định hướng một cách hiệu quả? Các chuyển động như đu, bám, bơi lội và lái xe được tích hợp vào một hệ thống trực quan duy nhất mà nhà phát triển gọi là hệ thống di chuyển 3C với tính di động cao. Với hệ thống này, người chơi có thể dễ dàng chuyển đổi giữa các phương thức di chuyển khác nhau và di chuyển giữa các tòa nhà chọc trời của thành phố.
Trong việc khám phá thành phố, Naked Rain đã nhấn mạnh rằng các vật trang trí trên đường phố không chỉ là trang trí mà còn có thể phá huỷ hoặc sử dụng để khám phá và tương tác, mở ra nhiều khả năng mới. Tuy nhiên, ý tưởng này làm tăng khối lượng công việc cho đội ngũ phát triển, nhưng sự tự do khi khám phá mới là điều quan trọng thực sự trong một trò chơi như Project Mugen. Khi đi trên đường phố, người chơi có thể tương tác với hầu hết mọi vật trên đường. Dù là phá huỷ đường phố hay thư giãn với những chú mèo, người chơi có thể làm bất cứ điều gì họ muốn trong thế giới của Project Mugen.
