Assassin's Creed Shadows không thể không là một trong những tựa game gây tranh cãi nhất hiện nay, đặc biệt từ khi game được công bố lần đầu tiên. Trong trò chơi này, người chơi có thể chọn điều khiển một shinobi nữ tên Naoe hoặc một Samurai da màu gốc Phi Yasuke. Việc đưa một nhân vật da đen châu Phi làm nhân vật chính trong một game xoay quanh văn hóa Nhật Bản đã trở thành đề tài gây tranh cãi. Mặc dù Yasuke tồn tại trong lịch sử, nhiều người cho rằng cách mô tả anh trong trò chơi là không chính xác.
Cảm giác không hài lòng về việc chọn nhân vật chính trong Assassin's Creed Shadows đã thúc đẩy người dùng có tên Shimizu Toru trên trang Change quyết định tạo ra một đề xuất hủy bỏ dự án game thế giới mở này. Theo đề xuất, Assassin's Creed Shadows được coi là một "sự xúc phạm nghiêm trọng" đến văn hóa Nhật Bản, thậm chí được xem là phân biệt chủng tộc. Đề xuất này đã thu thập được khoảng 75 ngàn chữ ký tính đến thời điểm hiện tại. Tuy nhiên, không có cách nào để hủy bỏ trò chơi vào lúc này.
Phần lớn các đề xuất liên quan đến trò chơi điện tử thường trở thành nơi cho các fan thể hiện sự bất mãn của họ, và kết quả thường không đáng chú ý. Assassin's Creed Shadows vẫn sẽ được ra mắt vào ngày 15 tháng 11 tới. Dù thương hiệu Assassin's Creed đã tái hiện lại các địa danh, khu vực và nhân vật lịch sử thực sự, nhưng câu chuyện và hệ thống nhân vật chính vẫn chủ yếu là hư cấu.
Đề tài chính của loạt game này rất khoa học viễn tưởng, khi nhân vật chính sử dụng một thiết bị để truy cập vào ký ức tổ tiên, tái hiện những cảnh ám sát và các trận parkour khác nhau. Với việc Assassin's Creed nổi tiếng với yếu tố siêu nhiên, việc ưu tiên yếu tố lịch sử chắc chắn không phải là quan trọng nhất.