Người đọc có thể tiếp tục theo dõi những phần trước trong chuỗi câu chuyện của Lies of P bằng cách nhấp vào các liên kết dưới đây:
Phần 1:
Phần 2:
Lối đi ẩn dưới khách sạn dẫn P đến Di tích Trismegistus, một khu vực mà Ergo đã được phát hiện lần đầu. Tuy nhiên, đường từ đó tới Isle of Alchemists đang bị Black Rabbit Brotherhood chặn đứng, gương mặt của bọn chúng là "anh cả", người đã từng bị P đánh bại nhưng đã được hồi sinh và tăng cường sức mạnh bởi các nhà giả kim. Sau khi đánh bại chúng một lần nữa, P sẽ gặp lại Alidoro, kẻ đã phản bội khách sạn. Người chơi có thể chọn giữa việc chiến đấu và trừng phạt anh ta, hoặc tha thứ cho anh ta. Sau đó, một chiếc tàu ngầm bằng vàng Ergo sẽ xuất hiện và đưa P tới đảo. Trong khoảng thời gian này, nếu P quay về Khách sạn Krat, Venigni sẽ giải mã một tin nhắn từ Bộ giải mã sóng Ergo mà chỉ có P mới có thể nghe được. Đó là tin nhắn từ Romeo, Vua Puppet, tiết lộ rằng Geppetto mới là kẻ chủ mưu đằng sau sự xáo trộn của Puppet Frenzy.
Romeo, người thực chất là bạn thân của Carlo, lúc đang trên bờ vực chết vì căn bệnh biến thành đá, đã yêu cầu Geppetto biến mình thành một con rối để bảo vệ người dân Krat. Tuy nhiên, anh không ngờ rằng điều Geppetto thực sự muốn là làm sống lại Carlo, con trai của ông ta, người cũng đã không thể thoát khỏi căn bệnh biến thành đá. Geppetto biến Romeo thành Puppet King, với ý định kiểm soát tất cả các con rối khác để tiêu diệt người dân Krat và thu thập Ergo. Tuy nhiên, Romeo đã khôi phục lại bản ngã của mình, nổi loạn và đứng lên để bảo vệ nhân loại khỏi căn bệnh biến thành đá, các Nhà giả kim và chính Geppetto. Thật không may, Geppetto đã tạo ra một quy tắc bí mật ẩn sau Hội ước Vĩ đại được gọi là Quy tắc số không, cho phép ông ta kiểm soát tối đa mọi con rối. Sử dụng Quy tắc số không, Geppetto đã tạo nên Cơn điên của các con rối dẫn đến cái chết của phần lớn người dân Krat. Mặc dù vậy, Romeo vẫn chiêu mộ lại các con rối để ngăn chặn Geppetto và các Nhà giả kim, đồng thời sử dụng sự ảnh hưởng của mình để bảo vệ những người còn lại.
Sau khi biết Ergo của Carlo đã được chuyển vào P, Romeo đã cố gắng gửi một sứ giả tới thăm P để báo cáo tình hình và tránh việc cả hai phải chiến đấu. Tuy nhiên, do bị Geppetto lừa dối, P đã giết chết tất cả mọi người. Khi P tìm thấy Puppet King ở Sân khấu Nhà hát Opera Estella, Romeo đã cố gắng cảnh báo P về kế hoạch thực sự của Geppetto là thay trái tim của P bằng một con rối khác thông qua một vở kịch ngắn. Sau đó, Romeo xuất hiện và vươn tay muốn hòa giải với P. Tuy nhiên, P vẫn không hiểu và đẩy tay cậu ra. Cả hai cuối cùng vẫn phải chiến đấu đến cùng với nhau. Trước khi chết, Romeo vẫn biết ơn P vì đã mang lại cho cậu sự tự do thực sự.
Sau khi trở về cùng P, khi đến Isle of Alchemists, P tìm thấy một bản sao của Sophia. Tại đây, cô chỉ ra rằng cô là con gái của lãnh đạo cũ của các Nhà giả kim, nhưng khi cha cô qua đời và Manus lên nắm quyền, mọi thứ đã thay đổi. Manus phát hiện ra khả năng Listener của Sophia và lợi dụng cô để kiểm soát Ergo để sử dụng cho các thí nghiệm của mình. Trên bãi biển điều hướng đến Tu viện Arche, các con sóng Ergo mạnh mẽ đã chi phối thời gian và cho P thấy những kỷ niệm thời thơ ấu của Carlo. Điều này làm cho P hiểu rằng, dù Geppetto là một nhà khoa học tài ba, nhưng ông ta lại là một người cha tồi. Ông ta luôn bỏ rơi Carlo, và khiến cậu phải sống trong trường nội trú Monad Charity House. Chính Sophia đã giới thiệu Carlo với Romeo tại đây, và cả hai đã nhanh chóng trở thành bạn thân. Carlo, bực tức vì Geppetto không có mặt trong lễ tốt nghiệp của mình, đã tặng Romeo chiếc vòng cổ của mình khi thấy cậu ta ngưỡng mộ ông. Rồi Carlo qua đời sau khi bị bệnh hóa đá.
Geppetto rất đau khổ vì cái chết của Carlo. Sau khi phát hiện rằng những con rối đã trở nên nhân tính khi Ergo của chúng thức tỉnh, Geppetto nhanh chóng tìm cách hồi sinh con trai. Tuy nhiên, con rối mà Geppetto tạo ra từ xác Carlo lại quá hiệu quả với Ergo và có thể phá hủy nó, đồng thời hủy diệt linh hồn của con trai. Vì vậy, Geppetto đã giấu đi con rối đó và tạo ra một con rối mới có tên là Pinocchio, hay còn gọi là P, trong một xưởng bí mật ở Trung tâm Ga Krat. Bằng cách đặt P-Organ vào P, Geppetto biết rằng con rối sẽ thu thập được Ergo để P-Organ có thể sống trong cơ thể con rối ban đầu. Để P có thể thu thập Ergo nhiều nhất mà không bị hạn chế, Geppetto đã biến con rối này thành duy nhất không bị ràng buộc bởi Grand Covenant, đạo luật buộc con rối phải tuân theo lệnh người tạo ra và phục vụ, không làm hại con người. Ngoài ra, Geppetto cũng tạo cho P ngoại hình gần giống Carlo để Ergo thu thập được có thể được điều chỉnh sao cho P có tính cách giống với Carlo nhất có thể. Sau đó, Geppetto khởi động Puppet Frenzy và biến Krat thành cảnh hỗn loạn giống như P nhìn thấy khi tỉnh dậy.
Quay trở lại với cốt truyện chính, sau đó P sẽ xâm nhập vào căn cứ của các Nhà giả kim và phải đối mặt với Laxasia, cánh tay phải của Manus và cũng là kết quả thành công đầu tiên của thí nghiệm tiến hóa của hắn. Sau khi đánh bại Laxasia, P sẽ tìm thấy thân xác thực sự của Sophia. Cơ thể của cô đã bị biến đổi một cách kinh khủng bởi Ergo và luôn trong trạng thái đau đớn không tả được. Điều này đã giúp cô có thể chiếu bóng của mình ra khắp thành phố Krat và đánh thức P. Sức mạnh khủng khiếp của Sophia được biến đổi bởi Ergo cũng là lý do khiến cô có thể tái sinh P mỗi khi người chơi thất bại.
Tại đây, Sophia sẽ đề nghị cho P giải thoát cho cô ấy bằng cách tự vẫn. Người chơi có thể lựa chọn liệu nghe theo hay từ chối. Sau đó, P tìm thấy Geppetto bị giam giữ bởi Mèo đen và Cáo đỏ. Ngay sau khi giải cứu ông ta, người chơi sẽ phải đối mặt ngay với Manus. Mặc dù Manus đã biến hình bằng cách sử dụng một món đồ được gọi là Cánh tay của Chúa, nhưng với kiên nhẫn, P vẫn có thể đánh bại được hắn ta.
Sau khi đánh bại Manus, P sẽ đối mặt với một số lựa chọn có thể ảnh hưởng đến kết thúc của trò chơi. Geppetto sẽ yêu cầu P trả lại P-Organ, một thứ mà P đã không ngừng tăng cường bằng mảnh người của mình, để ông ta có thể trao cho con rối được tạo ra từ cơ thể của Carlo. Nếu đồng ý, người chơi sẽ nhận được kết thúc xấu, khi con rối mới, hoàn toàn dưới sự kiểm soát của Geppetto, sẽ giết chết tất cả mọi người trong khách sạn theo lệnh của ông ta.
Nếu từ chối, người chơi sẽ phải đối mặt với Con rối không tên trong trận chiến quyết định. Sau khi bị đánh bại, Con rối không tên cố gắng tiêu diệt P-Organ, tuy nhiên Geppetto đã tự hy sinh để bảo vệ nó. Nếu người chơi chọn thật trong phần lớn trò chơi, Geppetto sẽ gọi P là một con rối vô dụng. Ngược lại, nếu chọn nói dối, ông ta sẽ rơi nước mắt vì P thực sự đã có nhân tính. Sau đó, P sẽ trở về ban công trên đỉnh Tu viện và trả lại Ergo cho một con rối của Sophia, mở ra một khởi đầu mới cho cô. Sau đó, Sophia sẽ tỉnh dậy và ôm P, đang trong trạng thái ngất ngây.
Dù nhận được bất kỳ kết thúc nào, sau khi xem xong phần credit, người chơi sẽ biết rằng Giangio, thực tế là một Nhà giả kim tên là Paracelsus và thuộc một tổ chức nào đó. Anh ta đã đến Krat để giao Cánh tay của Chúa cho Manus và theo dõi hắn như một thí nghiệm. Paracelsus đã đề cập đến P như một "người anh em mới" và tuyên bố sẽ trở lại nhiệm vụ truy tìm Dorothy, mở ra những khả năng về một phần tiếp theo được lấy cảm hứng từ cuốn tiểu thuyết "Phù thủy xứ Oz".
