Các fan của Nintendo đã nỗ lực lưu giữ một phần nội dung trò chơi trên 3DS và Wii U trước khi máy chủ ngừng hoạt động. Vào ngày 8 tháng 4, Nintendo đã chính thức đóng cửa máy chủ của Nintendo 3DS và Wii U, gỡ bỏ tất cả các tính năng trực tuyến. Tuy nhiên, để đảm bảo rằng một số tính năng không bị mất trong lịch sử, một cộng đồng người hâm mộ đã tổ chức Dự án Lưu trữ SpotPass (SpotPass Archival Project).
Dự án Lưu trữ SpotPass nhằm mục đích bảo tồn tất cả các tính năng bổ sung và cập nhật trò chơi mà các trò chơi trên 3DS và Wii U nhận được thông qua SpotPass. Tương tự như StreetPass, SpotPass là một tính năng trong Nintendo 3DS và Wii U, tự động kết nối máy chơi game với Internet và tải xuống nội dung bổ sung từ các trò chơi đã cài đặt. Trước khi Animal Crossing: New Leaf ngừng hoạt động, người chơi thường nhận được các vật phẩm được phân phối qua SpotPass, trong khi ở Fire Emblem: Awakening thì người chơi có thể nhận được các nhân vật độc đáo và các chương cốt truyện tùy chọn.
Với việc ngừng hoạt động máy chủ Nintendo 3DS và Wii U, nhiều nội dung bổ sung sẽ bị mất mãi mãi. Đó chính là lý do mà cộng đồng Dự án Lưu trữ SpotPass đã chuyển sang bảo tồn nhiều dữ liệu SpotPass và may mắn thay, họ đã thành công. Trên trang web chính thức của dự án, họ đã liệt kê những trò chơi 3DS và Wii U nào được bảo tồn SpotPass. Dự án Lưu trữ SpotPass nhằm mục đích đảm bảo rằng dữ liệu này có thể truy cập được trong tương lai, ngay cả khi không có quyền truy cập vào máy chủ trực tuyến hoặc 3DS và Wii U eShop.
Việc ngừng hoạt động máy chủ của Nintendo cho 3DS và Wii U đã ảnh hưởng đến các trò chơi cũ. Mặc dù hầu hết các thư viện game của hai hệ máy này vẫn có thể sử dụng mà không cần kết nối internet, nhưng người chơi chưa bao giờ mua DLC cho một trò chơi cụ thể hoặc có thể đã xóa nó khỏi bộ lưu trữ sẽ mất nó mãi mãi. DLC Super Smash Bros. cho 3DS không thể tải xuống lại nữa, điều này có nghĩa là những nhân vật như Cloud và Bayonetta sẽ bị mất vĩnh viễn trong lịch sử của trò chơi.
Một ví dụ khác là khi tất cả các Pokemon được lưu trữ trong Hệ thống giao dịch toàn cầu đều bị mất vĩnh viễn. Một trò chơi Nintendo khác bị mất nhiều chức năng là Super Mario Maker trên Wii U. Tính năng chính của trò chơi là chia sẻ các màn chơi do người chơi tạo ra với những người khác và mặc dù điều này đã tạo ra những màn chơi nổi tiếng thú vị trong Super Mario Maker, nhưng thật đáng tiếc khi thấy rằng tất cả sự sáng tạo của người dùng sẽ biến mất chỉ sau một đêm.
Việc bảo tồn trò chơi ngày càng trở nên quan trọng hơn theo thời gian. Trong quá khứ, đã có nhiều trường hợp các công ty không quan tâm đến việc bảo tồn trò chơi cũ, mặc dù một số vẫn cung cấp dịch vụ chơi một số trò chơi cổ điển. Tuy nhiên, những tình huống như vậy đã kích thích sự đoàn kết trong cộng đồng, dẫn đến việc tạo ra các dự án như Dự án lưu trữ SpotPass để chống lại sự mai một của thời gian.